三清山地处亚热带气候区，年平均气温17.2´c。极端高温37.3´C,极端低温－6.8´c。年平均降雨量2241.3毫米，多集中在4月5月6月三大月。无霜期288天。气候宜人，雨量充沛，加之相对高度差大，山顶山脚两重天，原始森林茂密而条带分明，景区内植物共有157个科，1088个种。是华东六省市少有的绿色宝库和天然动植物公园之一。 第一层植被，在海拔350－460米之间，为常绿阔叶林带。周围槠，烤，楠，樟等一大批绿乔木参天，平均树高20米以上，胸径多在40－50厘米之间。枝叶交错，腐草委地，鸟鸣虫吟，蛇行兽伏，神秘莫测。 第二层植被，在海拔460－1500米之间，为针阔混交林带。珍贵如华东黄杉，艳丽如山茶，天女，杜鹃。满山遍野，花团锦簇，清香扑鼻。第三层植被，在海拔1500－1700米之间，为针叶林带。由于高山气候早就了千姿百态的黄山松，犹如华盖临风。第四层植被，在海拔1700以上至绝顶，为山地夏绿灌木林带。平均植被高度在2－3米之间，疏密不等。天地相接，尘灰不染，蚊蝇不生。
