三清山植被属于我国中亚热带东部中山湿润常绿阔叶林，植被类型丰富多样，具有典型的山地植被特征，已查明的高等植物分属于253科984属。其中苔藓植物65科165属368种；蕨类植物34科71属179种；裸子植物6科22属24种；被子植物148科726属1802种。
1、植被类型
三清山有9个植被类型，主要以常绿阔叶林、常绿阔叶和落叶阔叶混交林、暖温性常绿针阔叶混交林、暖温性针叶林和矮曲林为主，并有温性针叶林、温性针阔叶混交林、竹林和山顶草甸等镶嵌其中。
常绿阔叶林：是该地区的典型植被类型，面积达11304公顷，分布在海拔300m-1000m的中坡和下坡。主要优势种有苦槠Castanopsissclerophylla，甜槠Castanopsiseyrei，青冈栎Cyclobalanopsisglauca，钩栲Castanopsistibetana，木荷Schimasuperba，红楠Machilusthunbergii和中华润楠Machiluschinensis。
暖温性针叶林：面积4279公顷，分布在海拔200-800m的下坡至中坡。主要优势种有：马尾松Pinusmassoniana、杉木Cunninghamialanceolata。
暖温性针阔叶混交林：面积3183公顷，分布在海拔200-1000m的中坡至上坡。位于常绿阔叶林和暖温性针叶林的交界处。这类混交林的典型树种为马尾松、苦槠、木荷、缺萼枫香Liquidambaracalycina(海拔500-1000m)和檫木Sassafrastsumu。
竹林：面积246公顷，有三个主要建群种：毛竹Phyllostachysheterocycla(海拔200-500m)、箬竹Indocalamuslatifolius(海拔900-1100m)、玉山竹Yushanianiitakayamensis(海拔1200-1700m)。
温性针叶林：面积367公顷，分布在海拔1000-1700m的上坡至山顶。实际上这种植被类型只由单一树种黄山松Pinustaiwanensis组成。在海拔1300-1500m南部的山谷中不连续地分布着几个华东黄杉Pseudotsugagaussenii纯林。
温性针阔叶混交林：面积2082公顷，分布在海拔1000-1800m的上坡至山顶，该区有许多珍稀植物种，包括：猴头杜鹃Rhododendronsimiarum、玉山竹、华东黄杉Pseudotsugagaussenii和多脉青冈Cyclobalanopsismultinervis；南方铁杉Tsugatchekiangensis、岩柃Euryasaxicola；福建柏Fokieniahodginsii、交让木Daphniphyllummacropodum和银钟花Halesiamaegregorii；榧树Torreyagrandis和茶叶山矾Symplocostheaefolia。
常绿和落叶阔叶混交林：面积254公顷，分布在海拔700-1000m的中坡至上坡，和温性针阔叶混交林相混合。优势种有：猴头杜鹃和岩柃Euryasaxicoca；刺叶栎Quercusspinosa和猴头杜鹃；大叶青冈CyclobalanopsisJenseniana、油茶Camelliaoleifera和紫茎stewartiasimensis；甜槠、锥栗Chrnryi和大叶青冈。
矮曲林（thecoppiceforest）：有420公顷，是最能体现三清山秀美生态景观特殊的美学价值的重要类型，主要分布在海拔1000m的陡坡上，因此又被称为“陡坡矮曲林”。主要植物成分有：黄山松、白豆杉、刺柏Juniperusformosana、香榧Torreyagrandis、玉山竹、云锦杜鹃Rhododendronfortunei和吊钟花EnkianthusChinensis。
山顶草甸：15公顷，分布在海拔1500-1600m处的保水性能较好的缓坡地段，主要植物有茸球镳草Scirpuswhichurai和类头壮花序镳草Scirpussubcapitata。
2、古老的生物群落
三清山分布有红豆杉科Taxaceae的榧属Torreya、木兰科Magnoliaceae的木兰属Magnolia和金缕梅科Hamamelidaceae的金缕梅属Hamamelis和枫香属Liquidamber。这些东亚——北美间断分布属有可能是在新生代第三纪之前的古新世和始新世时期起源于东亚和东南亚的古热带区。我国著名生态学家林英(1986)曾指出江西是东亚－北美植物区系中中国植物区系的一个重要发源中心。三清山的植被研究表明该区是这些植物在我国的核心分布区，其区系组成酷似于北美的东南部和西部地区。这些资料对研究两大陆的地质、古地理和古生物的进化具有重要意义。
从中生代的晚白垩纪直到新生代的上新世，亚洲东部和北美的西部一直都通过白令陆桥相连。白令陆桥使得东亚和北美的物种得以顺利迁移，形成了环太平洋植物区系。在现存的松科植物中，黄杉属和铁杉属植物就是通过这种途径迁移和传播的。古黄杉属植物在新生代渐新世前通过白令陆桥扩散到北美的西部，但在该地区火山活动和山岳之形成的影响下，这些物种的染色体可能发生变化，它们进一步进化成为黄杉组,更能适应新的环境。另外，由于古黄杉属植物不能有效的适应新的环境条件而逐渐衰退减少。铁杉属植物可能起源于晚白垩纪至古新世早期，并在东亚广泛分布，然后在渐新世早期扩散到北美西部。这说明黄杉属和铁杉属植物的发展扩张及现代分布与地质历史的变化密切相关。三清山不仅是华东黄杉Pseudotsugagaussenii和南方铁杉Tsugatchekiangensis的现代分布和扩散中心，也是一个重要的研究黄杉属和铁杉属植物进化发展的基地。
