1、三清山对研究植物物种洲际间断分布和孑遗植物具有国际意义。三清山具有属于东亚-北美洲际间断分布型的植物68属,占中国该类植物属(121属)的56.2%,这为东亚大陆和北美大陆的密切关系提供了佐证,同时在生物地理学和生物系统学上具有重要意义。三清山保存有12种孑遗植物,是古生代至第四纪植物演化的见证,也是第四纪冰川时期的生物“避难所”。
2、三清山是东亚最具生物多样性的环境之一。三清山容纳了东亚所能见到的多种生态系统,因而具有丰富的生物多样性。其中包括中亚热带湿润常绿阔叶林,是东亚最丰富的生态系统类型之一。三清山有高等植物种2373种;各种动物1701种,包括67种哺乳类、226种鸟类、49种爬行类、23种两栖类、36种鱼和1327种昆虫,其中有45种列入IUCN物种红色名录;有92种植物和54种动物列入《濒危野生动植物种国际贸易公约》;有144种列入《中国物种红色名录》;有26种国家重点保护野生植物和53种国家重点保护野生动物。