中国世界遗产主管部门和联合国教科文组织每年选择一个世界遗产地作为梅赛德斯—奔驰“自然之道，奔驰之道”项目受益方。项目第一期（2007年—2010年）共有四川大熊猫栖息地雅安片区、中国南方喀斯特和庐山等三处世界遗产地获得资助。考虑到长期保护世界遗产的重要性，梅赛德斯—奔驰与联合国教科文组织启动了为期3年的（2011年—2013年）项目第二期合作计划，三清山被确立为该项目二期的首个受益遗产地。
作为中国第七处、江西第一处世界自然遗产地，三清山近年来将世遗地的保护和管理作为工作的重中之重来抓，形成了“规划、立法、行政、科普、共建共享”等系列保护措施。从规划保护的角度，三清山先后投入1800多万元编制景区总体规划等。从立法保护的角度，争取省人大常委会通过《江西省三清山风景名胜区管理条例》，明确三清山管委会的行政执法主体地位，明确各级保护区内所禁止的行为，开创了三清山科学化、规范化、法制化保护管理的新局面。从行政保护的角度，三清山将保护管理工作纳入财政预算，实行一级财政体制，确保每年的门票、税收及其他规费等收入全都用在景区保护管理上。从科学保护的角度，邀请30余批次160余位国内外知名专家学者实地考察三清山，对景区资源进行科学研究和国际对比，取得了包括三清山地质地貌及生物多样性论文集、生物多样性图谱、动植物标本集在内的一系列科研成果。从共建共享的角度，三清山积极配合市委、市政府开展“发放三清山旅游消费券，上饶人免门票游览三清山”活动，让全市人民共建共享三清山申报世界自然遗产的成果，引导公众主动参与景区保护。
三清山还狠抓管理，在管理中求突破。在管理体制方面，三清山通过地方性立法、立规等措施，明确三清山管委会依法代表市政府对三清山风景名胜区各项事务统一管理，成为遗产地的唯一管理机构，行使行政管理和行政许可职能。在运行机制方面，三清山于2005年开始推行风景区党委领导下的政企分开，组建国有独资“上饶市三清山旅游产业发展集团有限公司”，实现了所有权、管理权、经营权分开。在景区管理方面，三清山新建了遗产展示中心和景区视频监控系统，设立森林防火、景点监测、交通监测点，建立管理站、气象监测站和水质监测站；每年投入500万元绿化经费，实施“景区全绿化、道路林荫化、农村生态化”工程，实施社区改水、改厕、改路、改灶工作；景区讲解员实行挂牌上岗，轿夫实行单双号科学运营，进一步规范了导游服务、轿业服务、网点服务和景区游览秩序。
