近年来，三清山先后成功申报世界自然遗产和世界地质公园，这意味着景区的保护和管理得到了国际社会的一致认可与肯定。保护，是三清山科学发展之基，风景区不断巩固和实施生态化保护、科学化保护及国际化保护，努力把三清山建成“最美上饶”的亮点，铸就“美丽三清”。
尊重自然、顺应自然、善待自然，是三清山始终坚持的保护理念，通过实施严格的生态化保护，加大资源管护力度，在229.5平方公里核心区内禁止采石采矿、砍伐林木、猎杀动物、破坏植被，切实做到山不挖、水不断、树不砍、兽不猎，保障景区可持续发展。今年还将做好际底、溪口生态移民搬迁，坚持走“保护中求发展、发展中促保护”的科学发展之路。
风景区还进一步加大科学化保护力度，利用“数字三清”平台，通过GPS全球定位系统、大气环境监测系统、互联网视频等现代高科技手段加强对森林防火、核心景点、景区交通以及大气、水质、气象等方面的监测，并加快推进无烟山工程等保护项目的实施和建设。
在国际化保护方面，则严格按照《世界遗产公约》、《世界地质公园网络工作指南和标准》的要求做好资源保护。并积极开展国际交流合作，履行《三清山地质公园与莱斯沃斯森林石化地质公园友好合作协议》，加强与澳大利亚卡纳文卡世界地质公园联系，进一步扩大在地质遗迹保护、公园管理、公园宣传等领域的交流与合作。今年还将在三清山成功申报世界地质公园一周年之际，通过第二届中国三清山国际花岗岩地质地貌研讨会等国际性会议，听取联合国专家、国际学术机构专家对三清山保护管理的意见和建议，引进国际先进的保护管理理念和技术，推进三清山科学发展、完整保护和永续利用。
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