三清山的生态旅游是以生态学原则为指针，以生态环境和自然环境为取向，所展开的一种既能获得社会经济效益，又能促进生态环境保护的边缘性生态工程和旅行活动。生态旅游是以生物资源为中心的高信息和高情感的体检，要求不破坏资源，与积极的环境道德相一致。
1、冰期生物避难所
在第四纪冰期，地球上的温度很低，绝大多数木本植物惨遭灭绝，但是三清山地区的森林植被却没有受到大陆冰盖的直接袭击与摧残。在第三纪的中后期，该区因为具有温暖湿润的气候条件、复杂的地形环境，成为许多古植物种的“生物避难所”。在冰期后期，地球变暖，这些古植物的直接后裔很快恢复、繁衍起来，造就了三清山动植物种的丰富多样性，使其成为世界珍稀植物种保存完好的地区之一。鹅掌楸是其中的典型物种。据估计在第三纪时鹅掌楸属有10多个种广泛分布在北半球，大多数在第四纪冰川期被灭绝。三清山保存有大面积的鹅掌楸和蓝果树Nyssasinensis分布，它们分别是北美的北美鹅掌楸和北美蓝果树Nyssasylvetica的对应种，这种分布格局是地理残遗物种存在的又一有力证据。它们也被认为是幸存于古地理事件的活化石，对研究较大规模时空尺度上的山地森林生态系统形成、发展与进化具有重要的意义。因此三清山也被视为一个宝贵的“天然实验室”。
2、地理残遗物种
据推测，种子植物是在中生代至新生代第三纪的始新世和古新世期间出现和发展的。随着古大陆板块的分裂和漂移，种子植物群落也被分隔，形成了间断分布格局。太平洋的形成将曾广泛分布在北半球的原始被子植物群落分开，使其在东亚和北美洲不连续的区域内进行各自的分异和进化，例如被子植物最古老的科之一的木兰科，就是太平洋扩展过程中形成的。还有黄杉属Pseudotsuga、榧属Torreya，以及喜树Camptothecasmyrnioides、蓝果树Nyssasinensis、金钱松Pseudolarixkaempferi、白豆杉Pseudotaxuschienii、华东黄杉Pseudotsugagaussenii、青檀Pteroceltistatarinowii、南方红豆杉Taxusmairei。
3、双种属
在东亚和北美两地的温带或亚热带地区间断分布的种子植物超过121属（东亚地区除我国外还包括日本、朝鲜半岛、原苏联库页群岛等地区，亦存在部分东亚-北美间断分布属）。大多数为古老属，并且一小半属于珍稀的“双种属”。所谓“双种属”，是指该属的一个种在东亚而相应的另外一个种在北美，例如，鹅掌楸(我国)和北美鹅掌楸(美国)、檫木Sassafrastzumu(我国)和黄樟Salbidum(美国)、白玉兰Magnoliadenudata(我国)和荷花玉兰Mgrandiflora(美国)，这些奇妙的现象表明了两块大陆间存在着原始的地理亲缘。另一些属，如藿香属Agastache和风箱树属Cephalanthus,可能起源于北美，然后才通过白令陆桥迁徙到东亚。
