1、动物地理区系
三清山位于我国中亚热带东部，动物地理区划属于东洋界中印亚界的华中区东部丘陵平原亚区，又因其地处山地气候，生境复杂，部分古北界物种向该地渗透，从而形成了以东洋界种类为主，兼有古北界成分的动物区系特征。据初步调查：属于东洋界的两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类物种约占70%，由古北界渗透进化而来的物种约占 30%；昆虫的区系极端复杂，主要类型有东洋界的印度－马来亚群系和印度－马来亚－华西群系。有些种类为古北区和东洋区所共有的广布种，已查明的蝴蝶有11科113属180种，包括珍稀蝶类-凤蝶科中的25种。
2、脊椎动物
三清山现已记录陆生和水生脊椎动物401种，隶属5纲32目104科，其中：鱼纲36种，占8.9%；两栖纲23种，占5.8%；爬行纲49种，占12.2 %；鸟纲226种，占56.4%；哺乳纲67种，占16.7%。
3、动物垂直地带分布
提名地动物种群的分布对环境有一定的依赖，呈现一定程度的垂直地带性。白颈长尾雉Syrmaticus ellioti一般分布在海拔800m以下生境中，而黄腹角雉Tragopan caboti一般分布于海拔800m以上的生境。在海拔 500m以下的下坡，典型动物主要有：鼬獾Melogale moschata，獾Meles meles，猪獾Arctonyx collaris，白头鹎Pycnonotus sinensis，短尾蝮蛇Gloydius brevicaudus。在区域内的信江、饶河和七一湖区还有多种水鸟和其他湿地脊椎动物，如水獭Lutra lutra，中华秋沙鸭Mergus squamatus，鸳鸯 Aix galericulata，平胸龟Platysternon megacephalum 和虎纹蛙Rana rugulosa等。在山腹、山腰处 (海拔500-1000m)，典型动物种主要有：猕猴Macaca mulatta，白颈长尾雉Syrmaticus ellioti，黄腹角雉Tragopan caboti等。在山上部至顶部（海拔1000-1816m），主要典型物种有，如黑麂Muntiacus crinifrons，云豹Neofelis nebulosa，豹Panthera pardus，红嘴相思鸟Leiothrix lutea等。
三清山生物学与生态学突出全球价值对比分析
在现有的57处世界山地遗产中，虽有48处满足标准Ⅸ（生态）、Ⅹ（生物多样性），但包括阿根廷罗斯格拉希亚雷斯国家公园在内的23处遗产的生物不属于古北（极）生物地理界。在剩下的25处古北（极）生物地理界遗产中，包括加拿大落基山脉国家公园在内的19处遗产不属于亚热带林省，也就是只有6处同属亚热带林省的世界山地遗产与三清山具有某些可比性。三清山因拥有大片保存完整的未受破坏的中亚热带湿润常绿阔叶林、针阔叶混交林和许多珍稀濒危及孑遗物种，有条件列入世界自然遗产名录。
三清山拥有许多珍稀和频危的地方特有物种，并且有丰富的物种多样性。比其它主要的花岗岩遗产地，三清山为许多动、植物提供了保护环境。高等植物多样性远较现有世界花岗岩遗产地，如我国的黄山、泰山，日本的屋久岛以及美国的约塞米蒂更为丰富。它在我国亚热带地区拥有数目最多的植物物种。它是世界松科黄杉属的生长和分布研究中心，也是世界保护和研究孑遗植物的重要中心之一。三清山哺乳类、鸟类、爬行类和两栖类的种类，较世界遗产地黄山等地更为丰富，鸟类的种较世界遗产地武夷山更多。哺乳动物种类达到邻省浙江、安徽和福建的60%-70%，鸟类为41%-64%，爬行类为42%-72%，而两栖类为52%-59%。
三清山独特的生物多样性充分展示了其作为世界遗产的重要价值的体现。为研究我国生物的多样性和远古性提供了丰富的物种。
